くろたんく雑記帳

日常とか、わんちゃんとか、機械学習とか、競プロとか、

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インフォマティクス

国際会議IEEE CIBCB2021の論文がPublishされました。

はじめに 論文概要 QEPPIのコード はじめに 2021/10/18に国際会議IEEE CIBCB2021の論文がPublishされました。 ieeexplore.ieee.org T. Kosugi and M. Ohue, "Quantitative Estimate of Protein-Protein Interaction Targeting Drug-likeness," 2021 IEEE Con…

Weekly Life Science Informatics News 始めました。

機械学習界隈ではRevueを使って発信している人が幾人かいるのですが、生命情報科学界隈ではあまりいない(見たこと無い)し、Twitterの機能の一部にRevueを使ったニュースレター機能が出来たので少しやりやすくなったということもあって、最新の動向を追う目…

SELFIES, a new molecular representation method

Introduction Outline of the paper The great thing about SELFIES (in my opinion) Other results using SELFIES The grammar of SELFIES (main topic) About SMILES MDMA Explained (just look at it for now) Atomic Symbols Index Symbols Branch Symbo…

新しい化合物の分子表現法 SELFIESの日本語解説

20210817追記 公式レポジトリに、この記事のリンクが貼られました。 以前日本語で書いたSELFIESの紹介記事リンクが公式レポジトリに貼られた!! I woke up in the morning and saw that the link to my Japanese article about SELFIES was added on the READ…

GraphQL-based APIによるPDBのデータ取得(Ligand 情報編)

はじめに GraphQL-based API 経緯 PDB IDからのLigand情報の取得 終わりに はじめに はじめて(PDB)https://www.rcsb.org/というタンパク質のDBを触ったが、GUIではなくAPIを利用したデータ取得に少し手間取ったのでメモ。参考は以下 今回は主に、GraphQLによ…