はじめに 前提 M1という障壁 対応策 Dockerfile docker-compose.yml とりあえずテスト pythonモジュールの作成 モジュールを動かしてみる devcontainer devcontainer.json docker-compose.yml devcontainerの起動 Jupyter Notebookについて おわりに はじめ…

はじめに Dockerコマンドの補完機能の設定について おわりに はじめに Apple Silicon (M1)のMacBook ProでDocker Desktopを導入後Dockerコマンドを補完するやり方をこれまでのMacBook Proと同じようにはできなかったので、ドキュメントに書いてある方法など…

はじめに 論文概要 QEPPIのコード はじめに 2021/10/18に国際会議IEEE CIBCB2021の論文がPublishされました。 ieeexplore.ieee.org T. Kosugi and M. Ohue, "Quantitative Estimate of Protein-Protein Interaction Targeting Drug-likeness," 2021 IEEE Con…

はじめに QEPPIとは 開発について GitHub上での開発 PyPIへの登録 事前準備 Packageソースの作成 ちょっとテスト ビルドの準備 PyPIへのupload Test.PyPI (練習用)へのupload PyPI (本番)へのupload Makefileによるタスクフロー化 ポイント 今回の内容をまと…

はじめに 論文概要 簡単に論文をまとめたスライド QEPPIのコード QEPPIのロゴ はじめに 2021/10/10に自身がこれまで取り組んできた研究成果をまとめた論文がInternational Journal of Molecular Sciences誌に掲載されました。 Kosugi T, Ohue M. Quantitativ…

ニューラルネットのGraphをサクッと作りたく、Graphvizで簡単にできたのでその紹介。 細かい設定を色々試したかったので、その結果をGistにupしてお来ました。 かなり細かい設定ができるので、コードからどこをいじると何が変化するかっていうのを理解しなが…

機械学習界隈ではRevueを使って発信している人が幾人かいるのですが、生命情報科学界隈ではあまりいない（見たこと無い）し、Twitterの機能の一部にRevueを使ったニュースレター機能が出来たので少しやりやすくなったということもあって、最新の動向を追う目…

ようやく2回目のワクチン接種完了 そんなわけないけど、なんか高揚感があるような感じで何かを感じる（気分の問題。） 抗体価の上昇をなんとなく感じる（そんなわけないか）— くろたんく@激しく多忙 (@black_tank_top) 2021年9月15日 明日は具合悪くなるだろ…

Introduction Outline of the paper The great thing about SELFIES (in my opinion) Other results using SELFIES The grammar of SELFIES (main topic) About SMILES MDMA Explained (just look at it for now) Atomic Symbols Index Symbols Branch Symbo…

20210817追記 公式レポジトリに、この記事のリンクが貼られました。 以前日本語で書いたSELFIESの紹介記事リンクが公式レポジトリに貼られた!! I woke up in the morning and saw that the link to my Japanese article about SELFIES was added on the READ…

森下さんの「機械学習を解釈する技術〜予測力と説明力を両立する実践テクニック」を読んだので、まだ隅々までは読めていないが、感想を書きます。 Interpretable Machine Learningってとても話題で、最近だとHACARUSさんがInterpretable Machine Learningを…

齋藤さんと安井さんの「施策デザインのための機械学習入門〜データ分析技術のビジネス活用における正しい考え方」を読んだので、まだ隅々までは読めていないが、感想を書きます。 今回の書籍は初学者向けというよりは、すでに業務等の実践で機械学習をガンガ…

経緯 環境構築 TeXの知識吸収 どうやるか 結論 成果物 終わりに 経緯 社会人ドクター生活も、4ヶ月経って結構バタバタしていたため完全ブログストップ状態。 blacktanktop.hatenablog.com 2021年4月に入ってすぐ、論文を書く流れになったもののTeXはよくわか…

はじめに GraphQL-based API 経緯 PDB IDからのLigand情報の取得 終わりに はじめに はじめて(PDB)https://www.rcsb.org/というタンパク質のDBを触ったが、GUIではなくAPIを利用したデータ取得に少し手間取ったのでメモ。参考は以下 今回は主に、GraphQLによ…

とてもバタバタしていて、ブログは放置していましたが、理由があって、 結論から言うと、博士後期課程の学生として、東京工業大学 情報理工学院 情報工学系の大上研究室に所属することになりました。 www.li.c.titech.ac.jp 経緯 以前より、創薬分野に関わる…