くろたんく雑記帳

日常とか、わんちゃんとか、機械学習とか、競プロとか、

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【M1】devcontainerを使った、研究コード開発環境の構築

はじめに 前提 M1という障壁 対応策 Dockerfile docker-compose.yml とりあえずテスト pythonモジュールの作成 モジュールを動かしてみる devcontainer devcontainer.json docker-compose.yml devcontainerの起動 Jupyter Notebookについて おわりに はじめ…

【M1】Dockerコマンド補完でハマったのでメモ

はじめに Dockerコマンドの補完機能の設定について おわりに はじめに Apple Silicon (M1)のMacBook ProでDocker Desktopを導入後Dockerコマンドを補完するやり方をこれまでのMacBook Proと同じようにはできなかったので、ドキュメントに書いてある方法など…

国際会議IEEE CIBCB2021の論文がPublishされました。

はじめに 論文概要 QEPPIのコード はじめに 2021/10/18に国際会議IEEE CIBCB2021の論文がPublishされました。 ieeexplore.ieee.org T. Kosugi and M. Ohue, "Quantitative Estimate of Protein-Protein Interaction Targeting Drug-likeness," 2021 IEEE Con…

Bio"Pack"athon2021 #10にて発表しました。

はじめに QEPPIとは 開発について GitHub上での開発 PyPIへの登録 事前準備 Packageソースの作成 ちょっとテスト ビルドの準備 PyPIへのupload Test.PyPI (練習用)へのupload PyPI (本番)へのupload Makefileによるタスクフロー化 ポイント 今回の内容をまと…

QEPPI論文がPublishされました。

はじめに 論文概要 簡単に論文をまとめたスライド QEPPIのコード QEPPIのロゴ はじめに 2021/10/10に自身がこれまで取り組んできた研究成果をまとめた論文がInternational Journal of Molecular Sciences誌に掲載されました。 Kosugi T, Ohue M. Quantitativ…

Graphvizを用いたニューラルネットのGraph構造の作図

ニューラルネットのGraphをサクッと作りたく、Graphvizで簡単にできたのでその紹介。 細かい設定を色々試したかったので、その結果をGistにupしてお来ました。 かなり細かい設定ができるので、コードからどこをいじると何が変化するかっていうのを理解しなが…

Weekly Life Science Informatics News 始めました。

機械学習界隈ではRevueを使って発信している人が幾人かいるのですが、生命情報科学界隈ではあまりいない(見たこと無い)し、Twitterの機能の一部にRevueを使ったニュースレター機能が出来たので少しやりやすくなったということもあって、最新の動向を追う目…

2回目ワクチン接種完了

ようやく2回目のワクチン接種完了 そんなわけないけど、なんか高揚感があるような感じで何かを感じる(気分の問題。) 抗体価の上昇をなんとなく感じる(そんなわけないか)— くろたんく@激しく多忙 (@black_tank_top) 2021年9月15日 明日は具合悪くなるだろ…

SELFIES, a new molecular representation method

Introduction Outline of the paper The great thing about SELFIES (in my opinion) Other results using SELFIES The grammar of SELFIES (main topic) About SMILES MDMA Explained (just look at it for now) Atomic Symbols Index Symbols Branch Symbo…

新しい化合物の分子表現法 SELFIESの日本語解説

20210817追記 公式レポジトリに、この記事のリンクが貼られました。 以前日本語で書いたSELFIESの紹介記事リンクが公式レポジトリに貼られた!! I woke up in the morning and saw that the link to my Japanese article about SELFIES was added on the READ…

【書評】機械学習を解釈する技術〜予測力と説明力を両立する実践テクニック

森下さんの「機械学習を解釈する技術〜予測力と説明力を両立する実践テクニック」を読んだので、まだ隅々までは読めていないが、感想を書きます。 Interpretable Machine Learningってとても話題で、最近だとHACARUSさんがInterpretable Machine Learningを…

【書評】施策デザインのための機械学習入門〜データ分析技術のビジネス活用における正しい考え方

齋藤さんと安井さんの「施策デザインのための機械学習入門〜データ分析技術のビジネス活用における正しい考え方」を読んだので、まだ隅々までは読めていないが、感想を書きます。 今回の書籍は初学者向けというよりは、すでに業務等の実践で機械学習をガンガ…

論文執筆TeX環境

TeX

経緯 環境構築 TeXの知識吸収 どうやるか 結論 成果物 終わりに 経緯 社会人ドクター生活も、4ヶ月経って結構バタバタしていたため完全ブログストップ状態。 blacktanktop.hatenablog.com 2021年4月に入ってすぐ、論文を書く流れになったもののTeXはよくわか…

GraphQL-based APIによるPDBのデータ取得(Ligand 情報編)

はじめに GraphQL-based API 経緯 PDB IDからのLigand情報の取得 終わりに はじめに はじめて(PDB)https://www.rcsb.org/というタンパク質のDBを触ったが、GUIではなくAPIを利用したデータ取得に少し手間取ったのでメモ。参考は以下 今回は主に、GraphQLによ…

社会人ドクター生活スタート

とてもバタバタしていて、ブログは放置していましたが、理由があって、 結論から言うと、博士後期課程の学生として、東京工業大学 情報理工学院 情報工学系の大上研究室に所属することになりました。 www.li.c.titech.ac.jp 経緯 以前より、創薬分野に関わる…

2020年を振り返る

簿記(2020-02) はてぶ(2020-06~) AtCoder (2020-05~) 書評 (2020-07~) 移住 (2020-07~) スタサプ・TOEIC(2020-09-10) 業績まとめ 終わりに 今年はコロナ情勢の中、いろんな事をやった一年だった。 結果的に、AtCoderにチャレンジしたのが大きかっ…

Python3で解いた AtCoderの勉強になった問題 2020

サマリー AtCoder Beginner Contest 169 C-Multiplication 3 (2020-05-31) 169 D - Div Game (2020-05-31) 170 D - Not Divisible (2020-06-14) 172 C - Tsundoku (2020-06-27) 172 D - Sum of Divisors (2020-06-27) 173 C - H and V (2020-07-05) 174 C - …

【Fast.ai Vision】Single-Label Classificationの基礎

サマリー 環境準備 モジュールの読み込み Data Blockについて DataLoadersの準備 DataLoadersの確認 学習(Fine turning) learnerの設定 モデル構造のチェック 転移学習とFine turning 適切な学習率の探索 fit_one_cycleを使った改善 Discriminative Learni…

Python3で解く AtCoder Beginner Contest 186 D - Sum of difference

結構単純な、数え上げ。 ソートして考えることにきづければ簡単。 目次 目次 概要 解くときに考えた内容 コード 参考になる書籍 概要 問題 問題概要は省略。 解くときに考えた内容 すべてのパターンは でも制約的に、線形で考えなくてはいけないので二重のfo…

AtCoder Beginner Contest 186 参加ログ・感想

内容 結果 どう考えたか + α A - Brick B - Blocks on Grid C - Unlucky 7 D - Sum of difference おわりに 参考になる書籍 内容 Python3でやっている。 参加ログ。 所感。 コンテスト中に何を考えたか。 コンテスト後に解説をみたり、少し整理したりしたく…

Python3で解く AtCoder Beginner Contest 114 D - 756

階乗の約数のカウント、七五数のカウント。愚直に約数を列挙して数え上げるとだめで数え上げに組み合わせのを考えながら工夫が必要な、いい問題 目次 目次 概要 解くときに考えた内容 コード 参考になる書籍 概要 問題 が与えられる。 の約数の中に七五数は…

Python3で解く AtCoder Beginner Contest 185 D - Stamp

結構単純な、数え上げするだけ。 問題を把握するのに、少しだけ苦戦したがよく読んだらDにしては結構単純だった。 目次 目次 概要 解くときに考えた内容 コード 参考になる書籍 概要 問題 問題概要は省略。 解くときに考えた内容 最初と最後を同等に考えられ…

AtCoder Beginner Contest 185 参加ログ・感想

意味不明なやり方して頭大混乱で、絶対に落としちゃいけないCを落としてしまった・・・ 内容 結果 どう考えたか + α A - ABC Preparation B - Smartphone Addiction C - Duodecim Ferra おわりに 参考になる書籍 内容 Python3でやっている。 参加ログ。 所感…

Python3で解く AtCoder Regular Contest 110 B - Many 110

きれいに条件分岐ができればいい。 最初'0'にアサインできたら、最後、左から数えて何番目の'0'にアサインできるかを考える問題 概要 解くときに考えた内容 コード 全部場合分け 最低限 参考になる書籍 概要 問題 文字列は'110'が個連結したものである。 文…

Python3で解く AtCoder Regular Contest 110 A - Redundant Redundancy

問題の制約がゆるすぎて、のときの答えをprintするだけで終わる。 print(2329089562801) なので、解説記事としては候補のうち最小という状態で考えるとした場合にする。 目次 目次 概要 解くときに考えた内容 コード(候補のうち最小とするならば以下) 参考…

Python3で解く AtCoder Beginner Contest 153 D - Caracal vs Monster

愚直に、1~hまでどんな風になるかをリストで残そうとすると、TLEになる様な制約なので、いい感じのパターンを見つける必要がある。 どんな人数になるかがちょっとよくわからないので、とりあえず書き出す。そうするとパターンが見えてくる。 目次 目次 概要 …

Python3で解く AtCoder Regular Contest 109 B - log

長さの丸太を買って、短い方から丸太を作れるだけ作って、残りは買う。 -(作れるだけ作った数)+ 1が答え。作れるだけ作った数をどうかんがえるかがポイント 目次 目次 概要 解くときに考えた内容 コード 参考になる書籍 概要 問題 長さからの種類の丸太が…

Python3で解く AtCoder Regular Contest 109 A - Hands

状態を把握するのに、ちょっと時間はかかったが、イメージはできた。しかし場合分けが多く、そこにハマったのでまとめる 目次 目次 概要 解くときに考えた内容 コード 終わりに 参考になる書籍 概要 問題 100階建ての建物 がある。 とは廊下でつながっていて…

AtCoder Regular Contest 109 参加ログ・感想

内容 結果 どう考えたか + α A - Hands B - log おわりに 参考になる書籍 内容 Python3でやっている。 参加ログ。 所感。 コンテスト中に何を考えたか。 コンテスト後に解説をみたり、少し整理したりしたくらいの内容。 問題の詳細で細かく書こうと思うもの…

ガーデニング

たまには日常。 特に趣味じゃないが、庭に花を植えてみた。 庭を掘って花を植えた。掘って出てきた大きい石は縁にしてレンガ代せつやくでいい気がしてきた。ちょっと見た目悪いけど1週間くらい経つけど新しい芽というか蕾も伸びてきて普通に育つな pic.twitt…